申时行认为作为首辅必须用明确而坚定的态度来处理公务，但这个尺度一定要掌握好，标准只能维持到一定的限度内，这要有一定的技术含量，恰如其分，不多不少。作为首辅，最主要的工作，就是要使各种人才都能在政府中发挥长处，各尽所能，人尽其才，大才小才，庸才劣才，全部如是。对他们起感化和领导的作用，即为申时行所称的“诚意”。申时行很可怜，没有人事权，不像张居正可以决定任何官员的政治生命，可以考核官员，他没有张居正的权威，即使张居正也无法把全部文官集团全部罢免，只能和文官合作，把他们调动起来，团结在一起，按照他们的共同意志办事。正因为这样，申时行没有忽略文官的双重性格：即虽称公仆，实系主人；有阳则有阴。他必须恰如其分地处理此中矛盾，时势造英雄。时势要求申时行充当和事佬，历史赋予了他这个职责，他必须担任这个角色，在这个时期，像张居正学习万万行不通。一山不容二虎，如果强势，皇帝也绝对不会让他在朝廷里呆多长时间就把他给开了，“首尾两端”之类，就只能付诸一笑，否则就不是申时行了，是时代造成的。
申时行下决心当和事佬，固然有以上的理论及经验作背景，有张居正做前车之鉴，也与他的个人厉害关系有关，也就是他有私心。他一直被人们认为是张居正的亲信，在清算张居正的狂风暴雨中，风雨飘摇，首辅地位遥遥欲坠，说不定哪一天就会被人暗害，遭受不白之冤，尽管他费尽心力为自己洗刷，皇帝也表示了信任，还不断有人弹劾他，皇帝照样对他一如既往的信任。但作为申时行的心理就承受着巨大的压力，心里很虚很慌乱，总感觉身后有一把巨锤随时会向他砸来，忐忑不安，每天每时《忐忑》都在耳边唱响。皇帝已二十岁了，从身形上，脸面上都俨然成立一个成年人，心智上也已经走向成熟。皇帝声称过去被张居正愚弄，让张居正窃据首辅大位，独揽大权，骑在他的头上作威作福，以后他要当彻底地独立自主。皇上要振作，发泄心中的怨气，脾气就会大一些。伴君如伴虎。自古以来，没有皇帝不爱猜疑的，特别是身边的权臣。申时行总是感觉到万历似乎在考察自己，在暗中观察自己，老觉得危险始终没有离他远去，后脑勺都是凉的，随时会挨上一块砖头。在他前任八个首辅中，只有李春芳和张四维可谓能全始终，翟銮、夏言、严嵩、徐阶、高拱和张居正六人，或遭软禁，或受刑事处分，或死后仍被追究，下场都不怎么好。表面看来，天威难测，所有处分似乎都出自皇帝的旨意，其实，最根本还是来源于文官集团中错综复杂的矛盾，每次皇上发作都是这些矛盾的总爆发。
1583年的夏天到1585的夏天，在这两年多的时间里，申时行感受到了前所未有的压力，有一个政治上的黑箍套在自己脑袋上，孙悟空头上的紧箍咒，一天比一天加紧，非常的头痛。万历亲政开始，申时行身居首辅位置，再加上明朝也规定不许对首辅无礼，反对申时行的一些年轻京官，一时还无法完全摸清皇帝对申先生的真实态度，不敢造次，胡乱作为。后来，随着反对张居正运动的逐步深入，对申时行的攻击也逐渐展开，渐渐趋于公开化。他们质问：张居正的四个儿子，三个得中进士，两个入翰林院，申时行当日为会试时主试官之一，有没有作弊，和申时行有没有关系?巴结张居正？还建议，今后大学士的儿子一律不得参加会试，矛头显然是针对申时行的长子申用懋。申时行这个气，这个急啊，我的孩子着你们还是惹你们了，他们凭的是真才实学，有气朝我来嘛，干吗拿我的家人出气。父亲是首辅，儿子就不能为国家办事，连做工作的机会也给剥夺了。京官们看到尚书杨巍和申时行的关系密切，就上书弹劾杨巍，说他用人办事都逢迎内阁旨意，唯首辅之命是从，是首辅的一只狗，言外之意乃是首辅专权跋扈。京官的攻击，对申时行的地位没有造成一点危机，皇帝根本就不相信，但他们毕竟还是取得了一点点的胜利，足以让他们高兴一段日子了。京官们参劾礼部尚书徐学谟取得成功，被迫去职。表面上的理由是他在选择黄帝陵基的地址时，没有广泛地听取堪舆专家的意见，没有选到一个真正的吉穴，徐学谟已被视为张居正的私人，又把女儿嫁给了申时行的次子申用嘉，应该穷追猛打。扳到徐学谟可以一石数鸟，利益巨大，他们的如意算盘，首先讨皇帝的欢心，把清算张居正的运动引向深入，也是射向申时行的一颗子弹，清除申时行的外围，让他陷入孤立无援的境地，回头再慢慢收拾他。
对于申时行的攻击是一场有组织有预谋的政治阴谋，而阴谋的策划者组织者始终站在后边，没有露过真实面容。他们的策略就是“剥洋葱”，层层深入，逐渐的进入主题。他们往往从一些小事开始，诸如一句经书的解释，一种谐音的讽刺，一张不署名传单的内容，一个不当的考题等，无关痛痒，鸡毛蒜皮，然后，不定在什么时候阵营里的一个小卒子会在奏章上提出一个冤案，参劾一个不知名小官揭发人家的一些家庭琐事，再不了就让某个人出来随便寻找一个话题，穿插一些让人感兴趣的事情，引起公众注意，就像今天在网上发个帖子，给某件事曝光，把文官们发动起来，让他们积极的投入，参加其中，假以时日，日积月累，集腋成裘，小丘集成大山，小事积累而成大事，细枝末节转化为事关大局的问题。前后衔接，丝丝入扣，一丝不乱，第一步没有收到效果之前决不轻率采取第二步。直到时机成熟总攻即将开始的时候，才有大将出马抛出致命的利器，让对手再无翻身的道理。何其的老练，诸葛亮在时，也难比人家的运筹帷幄，决胜千里之外的潇洒，胸有成竹。
申时行也是一代名相，绝非等闲之辈，也算是老手了，而对着这布置周详的攻击，有几次也险些垮台，即便都化险为夷，每次都让他胆战心惊，庆幸万分，大声的念叨：“南阿弥陀佛！”高启愚一案，把他拖到了悬崖边上。如此险恶的政治环境，险象环生，他仍然能够出人意料的顶住了种种攻击，仍屹立在船头。在这重重危机中摇而不坠，站稳脚跟，每次危机过后，他的政治地位更趋的巩固，也不能不是一个奇迹。高启愚出身翰林院，曾任南京和北京的国子监祭酒，相当于国立大学校长，北京大学和南京大学的校长，也算两院院士了。申时行尊重知识，尊重人才，对这样一个高级知识分子尊重有加。为了充分的发挥知识分子的才干，就向朝廷积极推荐，让高启愚以礼部右侍郎的身份充任皇帝的经筵讲官。申时行同志对经筵讲官还是很有感情的，情有独钟，他曾经干了十几年，走向了首辅的大位。所以不能随随便便的安排一个就算了，必须好好挑选。高启愚也是鸿运高照，担任经筵讲官，被任为大学士指日间的事了。高启愚也会和申时行一样成为来日之首辅。无奈，高启愚命运乖违，没有当首辅的命，正在踌躇满志之际，有人突然站出来检举揭发，给皇帝发了一个帖子，让本来顺利的人生蒙上一层阴影。
张居正执政时期，朝廷派高启愚去主持应天府乡试所出试题“舜亦以命禹”以古代圣贤事迹命题，朝臣们开始算账，命题被认为宣扬禅让，即是恭维张居正有神禹疏凿之功；在有德者则君临天下的前提内，是在向张劝进。这一招实在既阴险又毒辣，本来是一个很正常的试题，根本和政治挂不起勾的，但中国人就爱搞这些乱七八糟的东西，牵强附会，死拉硬拽，非要给人家扣上反动派，反革命的大帽子不可。其实，既便有这个意思，身处在那个年代，那时的政治环境，张居正的气焰正盛，有几个人对张居正不是低声下气，歌功颂德的，连你自己不一样恨不得舔张居正的脚后跟，当走狗，拍张居正的马屁吗。这会儿，张居正倒台了，皇帝亲政了，他们的面目狰狞起来，摇身一变，成了反对张居正的急先锋，永远和皇帝站在一边，是皇帝的铁杆亲信，就像抗战时的伪军，摇身一变成了坑日的中流砥柱，他们是多么的可怕一群人啊。
他们不愧是政治斗争的高手，完全猜透了皇帝的心思，往皇帝的心里做事，中了皇帝心理上的要害。高启愚被申时行提拔，在这严重罪状面前，申必然要出面为高辩护，为自己辩护，就可以顺水推舟地搞垮申时行，把他拉下马。攻击者把奏折交给皇帝，皇帝就不能不过问，皇帝还是老一套，让太监将折子交给申时行，让申时行自己去辩解，高启愚又是自己推荐的，有人弹劾，就等于人家在说自己。你推荐的是什么人啊，他是个大逆不道的人，你在政治上是不是也有问题啊，逼着申时行出面为高启愚辩护。这回，把一个闷葫芦给逼急了，哑巴也开口说话了。万历在朝内掀起一股清算张居正的政治风潮，首当其冲的就是他的儿女亲家，而申时行竟没有替亲家说话，让亲家灰溜溜的离开京城。如果不是被逼到死角，也绝不会替他说话的。但是，如果申时行出面了，那么，好吧！一个是得罪，不在乎再多得罪一个，正好就一锅烩吧。
他们按照原定部署参劾申时行，又是原来的的程序，申时行提出辞职，皇帝也不说批不批准只是让他暂时呆在家里等待处理，二辅许国代理阁务。许国为申时行辩护，也被参劾，也同样在家听候处理。这些人不知道想干什么，不打倒一切就不会善罢甘休，他们并不是针对某一个人，是要打倒一切掌权的走资派，唯恐天下不乱，要把天下搅浑。万历也不是一个糊涂人，确实懒一点，好色一点，还是一个绝顶聪明的人，他不动声色让内阁的两位大臣在家里待了几天，就明白了这场斗争策划者的阴谋，检举参劾的真实用意了。万历想了，你们这些人都号称是铁杆“保皇党”，对朕真心吗？为什么在当初高启愚出题的时候一言不发，张居正已经倒台又振振有辞，好像是一贯正确的战士，谁信呀？傻子也看出来，但就在皇帝尚未作出决定的时候，组织者就推出三辅王锡爵，建议让王锡爵担任首辅，他们都是王锡爵主持会试的门生，要为老师争得首辅的宝座。
王锡爵贵有自知之明，这个首辅不好做，谁当首辅大家就和谁作对，这已成了惯例，被人家当成煎饼一样的两面焙烤，于是，他表示了充分的明智和冷静，不接受这样的拥戴，反而向万历上书称赞首辅申时行“泊然处中，重国体，惜人才”，竭力保申时行复位。皇帝这才下定决心，申时行和许国都被挽留，不理睬朝臣们的胡言乱语。皇帝特遣的宦官到两位阁老家里央请他们出来视事。
为了保持文官间的平衡，也为了继续鼓励监察官尽忠报国，对攻击首辅的人也没有处罚，敷衍了事。长达数月的政治风波才被平息，皇帝把其中最激烈的分子各降三级，参劾高启愚的御史也被调到外省；至于高启愚为生事之端，即便从轻处理，也不能认为全无过失，令之置身事外，乃以“出题谬妄”的罪名，被褫夺文官身份和以前恩赐的祖先诰命。
这样，张居正一案绵延了很长时间，余波波及了很多的朝臣，也让文官集团谈之色变，胆战心惊，都害怕受到牵连，盼望这场风波尽快的过去。皇帝也心满志得，该报复的报复了，影响也清理的差不多了，他感觉到一些人利用张居正的事情打击异己，发泄一己之私，再不停止就可能严重的影响朝廷的正常工作，才下旨对张居正清肃那到此结束到此这场轰轰烈烈的运动告一段落。
申时行终于舒了一口气，有机会平心静气地研究事情的真相。他敏锐地感到，在所有反对他的人中，真正关心张居正的儿子如何进入翰林院以及黄帝陵墓风水好坏的很少，不能说朝廷里没有人这样做，不抱着借机升官的目的去干这些事，能被人利用，引起整个文官集团注意的在当时只有张居正的问题，任何官员、任何事情只要一沾上张居正就立刻吸引人们的目光。张居正已经成了一个顶级明星，都被曝露在光天化日之下，任何与张居正有关系的人和事都会令人感情激动，一些人只不过巧妙的利用了这个敏感的话题。张居正形象扫地，再也不是那个温文尔雅，知识渊博，功高盖世，代表国家利益的化身了，成了一个不折不扣的大贪官，大坏蛋，只要一提起他的名字，就立刻引起很多人气愤。反对者不一定要费很大的气力，即可以利用文官集团对故太师的反感，达到排斥张居正所接近的人，如侍郎兼讲官高启愚、礼部尚书徐学谟和申时行等，兴风作浪，呼风唤雨，乘乱为自己或自己的小集团捞取私利。
万历认识到了这一点，1585年，决心将张居正一案作为历史看待，让他永远过去，不再用他说事了。这可是一个了不起的决定，才使国家没有向危险的境地前进，没有陷入更大的动乱之中。申时行也决心防止这样的政治波澜再来掀动本朝的上下机构，张居正已经被大家深恶痛绝，申时行呈请皇帝停止张居正所制定的考成法。这是一个危险的决定，它必将把国家带入更加混乱的境地，中国官员们的自觉性不能说没有，但中国人包括中国的官员奴性十分严重，干活是为别人总会想尽办法消极怠工，张居正的改革有点急功近利，但仍不失为一个治理国家的好办法，被取消，没了制度的制约，就更加的消极，干不干活就只有凭良心了，又开始吃大锅饭了，混日子吧。
为了表示胸襟开阔，交好文官集团，树立自己的形象，申时行对参劾过自己的官员概不追究，还建议其中的几位官员晋级，替邹元标说好话。皇帝本来想重办邹元标，申时行出来讨价还价，才使邹逃脱一场廷杖之苦，从轻处罚，还想方设法使他能第二次被召复职。申时行是怎么回事，傻了吗？就没有一点的血性，胸怀就是如此的宽广。这就像农夫和蛇，反对申时行的官员并没有领情，一番好心还是付之东流，还是一如既往的与他作对，每一次政治风波都足以能让申时行永远钉在耻辱柱上，再无生还之理，这一套是行不通的，是妇人之仁，必定会深受其害。
申时行的“老好人”形象在不断的被塑造，慢慢地，都知道首辅脾气好的不得了，是一个政治上的君子。1587年，又值京察之年。每次京查都是首辅们施展自己的政治手腕，打击异己的绝好机会，经考过后，总有许多平时和首辅以及他所属的那个集团不合或不能相容的官员，会以不合格为由被清除京官队伍。全部京官都在被考核之列。各地巡抚都带有都察院御史的头衔，也同于京官在考核之列。考察就不单纯是对京官们的考察，直接影响到全国政局的安定，一个巡抚就会涉及到一个省级政府的所有官员，撤掉一个巡抚，就会影响到下边的府道县，直接影响到一方的安定。这一次，申时行与他前任的原则相反，做出了一个让人难以预料的决定，力主人事上的稳定，向文官集团抛出一个很大的橄榄枝。政府下达文件，大会小会讲，让京城的大小官员都各安其位，好好干工作，别的什么也不要想，领导会考虑一切的。这番举动，京官们的心理也得到一定的安慰，安定下来。京察的结果，凡由进士出身的职官只有三十三人降级或罢免，而这三十三人，没有一个出于吏部、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。这种恕道稳定了文官集团的情绪，也稳定了首辅自己的地位，受到官员们的爱戴，被誉为老成持重，有古君子之风。
正是申时行的忠厚，处事风格也让万历非常欣赏，见惯张居正的专横跋扈，见到申时行的温文尔雅，谦虚礼让，如浴春风，君臣之间的关系也越来越好，由协调进而为亲密，越来越信任。在册封宠妃郑氏为皇贵妃时，他被委为正使之一。申时行又奉派为总揽大峪山今上陵寝的建筑工程，并到施工之处巡视多次。他也恪尽职守，兢兢业业的为皇帝做好工作。1587年，他报告一切进行都很顺利。万历龙颜大悦，特赏首辅申先生织有双喜字的锦缎一匹，制成新衣，以供阅陵时服用。申时行在皇帝的心目中越来越高，后来变成一种依赖，对申时行的劝说也能听进去，采纳了申时行的一些合理化建议。申时行委婉地请求今上放弃他禁中内操，即在皇城中训练以宦官编成的军队，并同意不再随便出城巡阅，管束职掌特务的宦官张鲸等。申时行采用恰当的方式从中不断的调停，才避免了皇帝与百官间的冲突，也避免了张鲸危害国家的局面的发生。文官集团由于受圣贤思想的影响，为了捍卫圣贤之道，有着坚定强硬的看法，他们一定要以道德的名义在御前诤谏，甚至会有一些人以一些不恰当的方式的进言，在言语冲突之余，皇帝一动反感，很可能导致一意孤行，给大臣造成没有必要伤害。申阁老防患于未然，用心良苦，尽心尽力的从中调济，尽到一个首辅做应该担负的职责。
尽管申时行尽心尽力的做了很多有益的工作，仍然有一些人不满意，反对申时行的人仍称他为妥协，一味只顾目前适用，放弃原则，事事都在和稀泥，做老好人，没有自己的建树，没有自己的观点立场。申时行对批评一笑了之，并不在意，他也会解释一二，表达一番自己的良苦用心。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，如何为皇上推行开明的政治?管理我们这样一个大帝国，在许多问题上一定是要生罅隙的。张居正以整饬纪律自居，强迫要求各人保证不生罅隙，事实上并没有做到。申时行用恕道待人，鼓励诚信，就是期望各人自动地各尽其能地补救罅隙。
申时行的立论并非没有理由，这只是一种理论上的，放到实际工作中未必可行，只是申时行在躲避朝廷的那些无法调节的矛盾的一个遁词罢了，从他执政八年半的纪录上看，其成功的希望至为微小，可以说完全失败了。推广诚意的方式是经常不断地举行礼仪，让皇帝听臣子们讲解的“四书”和其他经史，然而，申时行不断劝说皇帝出席他应该主持的礼仪，皇帝却总能以各种理由推脱，经筵也久被搁置，皇帝嫌麻烦，对这一套听不进去。皇帝放弃和大臣们接触的一切机会，使申时行至为不安，但他也没有更好的办法。只好自己坚持信心，静待时机的好转。可是无情的时光，不知道究竟还有多少时间让申时行来安排和等待呢?而申时行就是在这样的等待中度过了八年多的首辅生涯，时间就这样慢慢的流逝了。