在万历皇帝的老师中，并没有申时行的名字，但他确实是皇帝的老师。张居正时期，他的地位比较低，还不够当帝师的资格，他教的课程最多，任课的时间最长，只是一个讲师或者助教，没有教授的职称，不是专家学者，名字不能列在其中，没名啊，有啥办法呢。但在万历的学习生涯中，他对皇帝影响最深，感情也很好，在张居正之后才不断的提升他，在张四维去职后又成了首辅，是张居正之后任首辅时间最长的大臣。
申时行成了经筵负责人，除了国家事务，还执掌皇帝教育的全盘的计划。相当于今天大学的教务长，负责皇帝再教育的一切具体事宜。办公地点是文渊阁，坐落在午门之内，这里就是内阁，是大明朝的神经中枢，起着上传下达的作用。大学士们也在这里办公。虽然这里与皇帝的住处不远，一千米左右，但除了早朝和讲读外，万历皇帝已极少接见大学士。交往差不多全部出于书面。联系也完全靠太监们来回传达，这是很危险的。在中国的历朝历代，皇帝都比较注意这一点，虽然断不了让内监传达圣旨，但皇帝在大多数情况下还是召见大臣直接面议，以免内监们隐私作弊影响朝政，对国家大事产生不好的影响。明朝比较特殊，嘉靖只顾着炼丹，很少召见大臣，神宗这样闭门不出，不和大臣见面，是屡见不鲜的。万历皇帝直接宣召大学士面商国事，在申时行任首辅期内，极为罕见，平均一年不超过一次。由于大臣们见不到皇帝有些事情必须有皇帝批准，致使许多军国大事大臣们无所适从，不知道该如何处理。
明朝的内阁的地位很微妙，作用相当于清朝的南书房，军机处，但没有应有的权力，朱元璋建国时，感觉宰相的权力过大，就撤销了宰相这个职务，内阁就成了皇帝的秘书处，负责皇帝的文牍事宜。但到后来，皇帝越来越懒，把事务交给内阁来办，内阁才越来越重要，权力也越来越大。张居正时期，内阁的权力达到了强盛时期。万历皇帝亲政后，大权独揽，内阁就又变成一个摆设，申时行的权利越来越小了。
申时行对于经筵也并不太感冒，实质上成了一个形式。讲书的时间既长，也过于呆板。但作为负责人，经筵的直接指挥者和参与者，每次经筵都很辛苦，要在四更起床，匆匆的赶往经筵地点，认真准备，熬过一段悠长枯燥的时间。在讲书官讲完之后，书案依次撤去，皇帝还要宴请讲书官和大学士们，所谓的“筵”，形式上就像现在国际上通行的早餐会。美国人对此就情有独钟，要在早餐会上研究议论一些事情。但封建年代的酒会，规矩十分得多，要求严格，从座位安排，到宫廷礼仪不能出一点的差错。参加这种宴会非常的累人，出现任何一点闪失，都难辞其咎，很不容易。但申时行还乐此不疲，兢兢业业地干着这项工作，尽职尽责。
万历皇帝亲政以后，没有多长的时间就表现出了厌倦。申时行还是不断地向皇帝建议，商量经筵的时间，希望皇帝能够坚持下来，老祖宗定下的规矩，不能改变。这时，申时行已经五十多岁，岁月的磨难，鬓发苍苍，身体大不如从前了。
申时行尽管坚持，但不像张居正一样的强硬，凡事都和皇帝商量和风细雨的建议，实在不听，他也不着急，有张居正的前车之鉴，他开始对一切不那么认真而是听其自然了。
申时行之所以坚持让皇帝参加“经筵”，有其重大的意义。明代以教化治理天下，皇家的礼仪起着巨大的作用。儒家经典的教条愈简单平淡，就愈要加强学习，接二连三地听来讲去，加强我们理智的主宰。早朝也更可以收到锻炼身心的作用。就是皇帝的亲耕，也有很明显的象征成分，但象征不一定就是虚伪，在任何时候都不可能让皇帝亲自参加一些农事活动，就是有丰功伟绩的秦皇汉武，唐宗宋祖，清朝的康乾皇帝都不可能，作出此动作是在向天下人展示对农事的重视，关心人民的疾苦，正是通过皇帝的重视，天下人决心以行动促其成为现实，就会转变成无比壮大的力量！经筵的目的也不是主要在于让皇帝学习经典，要通过这种形势，表现皇帝和大臣在经典和史籍中寻觅最有效的治理国家的方法，实现天下大同，但其意义和目的，作用都是十分巨大的。
出于这样的考虑，申时行身为首辅，职责所在，他不得不这样做，尽心尽力的规劝，他规劝了，皇帝没听，问心无愧，首辅也当不了皇帝的家，那就没有办法了。皇帝果然没听大臣们的建议，1586年的新秋，二十三岁的皇帝降下谕旨，说他早晨起床后突然感觉头昏脑涨，要停止早朝和出席经筵、日讲。一年以后，申时行又建议，皇帝的头昏脑涨又奇妙地重复出现。奇妙的是，内宫好像有意让皇帝丢丑，皇帝刚刚说完精力不支，宦官就传出了万岁爷爷在紫禁城内骑马的消息；又有人说他试马伤额，不想让廷臣看见。廷臣们规劝皇帝要他注意皇帝的职责，皇帝又说，是足部发生奇痒，搔破皮肤，行走不便。好玩的是，宫内却又传出皇上饮酒过多，夜间游乐过度，与妃嫔交往过切如此等消息，不断的揭皇帝的短。这些不知道皇帝是否知道，是谁在八卦，传他的绯闻，如果知道弄不好会被气死，身为皇帝连内宫都治理不好，这个皇帝当的也实在不称职，对皇帝影响多不好啊。
性格决定命运，申时行柔弱性格决定了，他只能向皇帝建议，决不会强求。皇帝说他的脚痒，申时行就相信了，可喜的是皇帝的病源不深，早朝和经筵不致耽搁太久，会有哪一天的。反正一切都准备好了，万事俱备，只要皇帝能够出席，经筵可以立即继续举行。现在不行停停再说也行，一切好商量。
申时行官居首辅多年，他有着别人无法比拟的条件，身为帝师，深受皇帝的信任，他的父母也去世多年，没有丁忧的顾虑，他为人温和谦让，从来也不趾高气扬。王世贞所作《内阁首辅传》称他“蕴藉不立崖异”，然而，申时行的温和谦让，却也没有能使他能在政治风浪之外，往往被卷入争端，进退维谷，无法自拔，直到提出解呈十一次之多，才能奉准退休。可见皇帝对他的依从和信任。
申时行出身正统，是正儿八经的科班出身。1562年，在二百九十九名殿试及第的进士中名列第一，得中状元，并按例授翰林院修撰。在翰林院任职达十五年，官至侍读，并升转兵部及礼部侍郎，在职仅七个月，即被命为大学士。
在明朝，文官一般都凌驾于武官之上，成为绝对趋势。在申时行充当首辅的年代，全国文官的总数约为两万人，其中京官约占十分之一，文官队伍十分庞大，是一个很强的政治力量，难怪有时连皇帝都无法应付。
文官绝大多数由科举出身。最低级的考试合格者称为生员；生员应三年一度的乡试，合格者称为举人；举人参加在北京的会试殿试，合格者称为进士。举人得授九品官职；进士得授七品官职。此处尚有监生、贡生等名称，也都可以经过一定的途径得到官职。科举制度以各种考试的办法选拔人才，考来考去，全国的读书人被网罗而应试的总数当在百万以上，其中文理通达的即可由此而登仕途。就像以前中国的高考，一考定终身，毕业后被分配到各级党政机关的就成为了国家干部走向了仕途，今天又增加了一个公务员录用考试。高考+公务员考试成了国人走向仕途的途径。不同的是今天的考试只能从最低级的官员做起，而封建年代还有一次国考，要有皇帝亲自主持考试，考试通过的就可以直接当官起码是个县官，成为天子门生，万人敬仰。不过，能通过这个考试的人太少凤毛麟角，非出类拔萃者难以出人头地，珍惜的很。所以，古代的官员们很不容易，个顶个的都是个人才，并不都是饭桶。
在官本位的中国“学而优则仕”，其精神深入到国人的血液里，骨髓里，根深蒂固。读书人历经十年的寒窗苦读，过独木桥一样的过五关斩六将，披荆斩棘，获得一点功名就是为了这一天，为了当官，实现其积极的抱负和理想。基于这一点，历代统治者为了鼓励文官们兢兢业业的工作，施展自己的才学，治理好国家，采用了种种的奖励措施。除了本人的封官晋爵，还对他们的家人亲戚一番封赏，用以调动大家的积极性。一个文官能够苦读十年，进而中举，走向仕途，除了本人的刻苦学习和聪明以外，也渗透了全家人的心血和汗水。一个人能够学习，需要耗费无数的金钱，要有家族的大力支持。中国的大学生，考上大学，大学毕业，走向社会哪一个能离得开家长的大力支持。正是父辈们起早贪黑辛勤劳作才有了他们的今天。走向成功当然希望通过某种途径表达他们对家人的感激之情。朝廷也人性化处理，在他们做出成绩后，取得功名后，除了表彰他们本人，也同时表彰他们家属。就有了光宗耀祖，封妻荫子，促进了他们干好工作的干劲。朝廷账算得很清楚，统治者以极低的成本，收拢了他们的心，让他们死心塌地地为朝廷工作，朝廷还是沾光的，很划算。
明朝由于政坛风气的原因，浮躁气息很严重，会干得不如会说的，言官的权利大的没有边。干事的人动不动就会都到弹劾，在一定程度上影响了大家干工作的积极性。另一方面，中国幅员辽阔，县的设置就有一千多个。面对交通条件和通讯条件的限制，朝廷对地方的事务，难以全面了解。清朝时，康熙搞过微服私访，乾隆也几次下江南，但走的地方很有限，能了得到的情况非常有限，地方的社情民意根本无法掌握。朝廷要想知道他们工作的好坏，只有靠他们的汇报，没有别的办法，不想今天有诸多的媒体，网络有那么的发达，领导人要去调查研究也很方便，天上飞的，地上跑的，速度很快，能够很快的掌握情况，解决问题。
明朝实行的是中央集权制，为了管理好国家，使庞大的国家机器得以运转，就必须拿出一套解决办法。办法只有一个，就是“责任”，搞责任追究。这类似现在的领导干部责任追究办法。一个地区如果出现问题，当地官员难辞其咎，为官一任必须保一方平安。由于你的治理不善，造成当地发生重大问题，出现亡命之徒聚众造反，堤岸失修，发生大的灾害，出现重大的冤情等，都要追究当地官员的责任。也有一套奖赏制度，任满几年，成绩优秀就可以升官封赏等。这就要求朝廷必须建立一套制度，建立一套考核办法。人事考察条例就出台了，并长期坚持下去。四品以下的地方官三年任满应当入京朝觐述职，由皇帝及有关部门核定他们政绩的优劣。全国有一千一百多个县，任何精明强干的人事官员也无法详细知道他们的具体成绩，只能在大节目上斟酌。一个地方官所统辖的地区安静无事，税收没有多大亏欠，该地区的民风“淳厚”而并非“刁顽”，这位地方官必为好官。京官六年一考核，名为“京察”，考察也很难根据实际能力和成绩，而大抵是视其人事应付能否得宜而有其上下高低。每次对京官的考核，京官们总是战战兢兢，一旦得到不好的评语，一生事业可能立即付诸东流。明朝历史上最严格的数次考察，曾使两千多文官停职降级。在当政者来说，没有这样的办法，就无法去旧迎新；在被考核的文官来说，这样大批的斥退的确令人寒心，他们更要互相照顾，以作为保护安全的必要手段。
申时行身居首辅，是众官员之首，身居官场时间长了，情况了如指掌，但很无奈，官员们虽然名义上只是各个部门的领导，但不是孤立的，身后说不定会有一个什么样的利益集团，有的集团很强大，足以撼动首辅的地位。他不能像张居正一样的强悍，必须在夹缝中求生存。不想因为工作的原因得罪广大的官员，必须努力协调他们之间的关系，完成首辅的职责，和和平平，圆圆满满地走完自己的仕途。
在申时行的政治生涯中不断出现一些惊天动地的人和事，让他无所适从，难以应付。邹元标在1577年得中进士，时年二十六岁。朝廷还没有授予他任何的官职，虽然有了一点的功名，基本上也和老百姓差不多，不他知道是那根神经出现了问题，竟上书指出张居正的不肯丁忧的可耻可恶。按明朝的规定无辜弹劾首辅是要受到处罚的，奏章使他在午门外受到廷杖，进士的头衔被革去，被流放于贵州的穷乡僻壤。直到1583年才被冤案昭雪，才召回北京，任命为给事中，职司监察，穿上了绣有獬豸的袍服。邹元标该知道规矩，老老实实的做官了，到任不久，又一次犯浑上书直接批评万历。皇帝也不想多事，息事宁人，犯不着和这样一个人较劲，就在奏章上批“知道了”，不再做任何处理。可爱的邹元标先生不识抬举，不知道皇帝给他面子，见好就收，又再次上书，大肆批判，引用“欲人勿闻，莫若勿为”的谚语，用尽各种语言辱骂皇帝。面对一个小官的不断挑衅，皇帝再也坐不住了，龙颜大怒，要把这个不知感恩的谏官再次廷杖，打他个皮开肉绽，好让他长长记性。
申时行也只能承认现实，做和事佬，这也是无奈之举，身处在这个环境中又能有什么作为呢，总不能拿着自己的身家性命开玩笑吧？他在做和事佬的同时，要以他的诚意得到了某些文官的尊重，但事与愿违，申时行的一番苦心并不能为官员们谅解，还是不断被人批评。说他是张居正的循吏，被指责为“首尾两端”，让申时行感到万分的委屈。申时行不想强硬吗？不行啊，官员们连皇帝都敢骂，还能惧怕首辅吗？张居正当年多强硬，落得一个什么结果，不是照样被家产籍没，子弟被流放，下场悲惨吗？他当然不愿步张居正的后尘了。
申时行也知道自己的能量，有自知之明。张居正和万历皇帝都是聪明绝顶的人物。张居正是一代名相，能力超群。在隆庆皇帝去世时，高拱由于为人骄横，大权独揽，几乎和所有的朝臣的关系都不好，唯独对张居正情有独钟，十分信任。张居正为了获取首辅的位子，与冯保联合，巧妙的将高拱撵走。十年改革，成绩卓着。张居正的根本错误就在自信过度，虽然能鞠躬尽瘁，但不能谦虚谨慎，不肯对事实作必要的让步，让皇帝从心里厌恶了他，深恶痛绝。
张居正在上任之初，就已经看到朝廷文官的问题所在和改革的必要性，就把重点放在改变文官机构的作风上。文官制度的最大缺点就是做事缺乏条理，张居正力图振作，实施了考成法，意图很明显，但要求过于严厉，作风强硬，致使下边的官员们敢怒不敢言，只得从表面上屈服。在他有生之日，在权势之下，张居正可以利用权势压制批评者，可以铲除政敌，但永远无法彻底改变文官的思想，反抗之火在下边一直燃烧着，一旦身故，失去大权，张居正的心血，事业也随之付诸流水。在他死后这种浮夸之风法反而越刮越盛，都恢复如初。历史等于画了一个圆，又回到了原处，像中国A股又回到十年前。
张居正改革的目的在于国富兵强。一条鞭法虽然仍不失为一个好办法，确实增加了国家税收，但中国的地方太大，差别也很大，千差万别，也不可避免地会带来一些负面的影响。
明朝一千一百多个县，从行政级别上看都是一样的，但各个县的情况大不一样，有幅员问题，也有贫富问题，在税收上就不能一致。一个富裕的县份，其税粮总数可以是一个穷僻县的三百倍到五百倍，但税收数量最终定下来就不能改变。具体到每个县份，也大不一样，有的地方的耕地面积数量还是很早以前定下来的，几十年都没有变化，但实际上已经发生了翻天覆地的变化，土地所有权已经几易其手，已很难认清谁是真正的地主。再加上度量衡官方的和民间的也不一样，大小不同，这就给税收带来一定的麻烦。有些县份的税额虽然很低，与富裕的县份简直无法同日而语，不成比例，似乎有必要提高这个县的税额，最起码应该差不多，说得过去才行，退一万步说，别的县缴纳了许多的税收，你们县穷，至少应不能拖欠税款了吧？合情合理。
但实际情形是，原来税额低，当地的老百姓的生活水平并没有因此富裕，虽然不少农民得到了实惠由一般贫民已升为地主，手中有了土地粮食，有了钱，但他们与富裕县份比，仍然是贫困阶层，生活在贫困线下。当地自然条件，农业生产条件决定了这一切。古代的农业生产水平低下，有的地方就是打不出粮食来，他们是国家级贫困县，不吃国家救济就已经很不错了，还让他们纳税，把他们打死也拿不出来。有的地方说起来有多少土地，实质上土地贫瘠，完全靠老天爷吃饭，十年九旱，有的年份连种子都收不回来，国家当然不应该逼迫他们缴税。富裕的县份他们的税额自然很高，但也入不了库，最起码不能全部入库。富裕县份的物产虽然丰富，生活条件也好得多，但在一般情况下，在交纳一定数额的税额以后就可能拒交更多的税款。“皇粮国税”是在尽义务，得不到任何好处，还有水涨船高的可能，今年是个丰收年分，粮食打多了，多交点税也未尝不可，但不能多缴，今年缴了，基数就上去了，象美国国债限额，每年都在涨，滚雪球一般，飞速提高，以后，不管遇到任何年份都要按这个标准缴纳，到那个时候就会后莫及，这个县的老百姓就要遭殃了。
老百姓都知道一个县官无法长期和成百成千以拖拉方式拒不纳粮的户主抗衡，法不责众嘛。一个人不缴，那是抗税，是违法的，有坐牢的可能，但是大多数人都违法，官家也就没有办法，民怨沸腾，农民暴动也是他们的工作没做好，会受到朝廷的处分的，只好与之协商，谈谈条件，也许能少交一点。官员们几年以后就会动个地方，他们为了完任务也会向上级打一些埋伏，动点小心眼，既然大家都缴不上去，官方就只好用种种名义把未收的部分减免，没交的就得到了好处，就等于鼓励拖欠拒不纳税了。当然，这样做要冒很大的风险，要有一定的条件和时机，但为了一家人的生活也值得如此去做。
县官为了征税，为了把钱交的税款征上来也费尽了心机，使用了各种各样的办法。他们常常对缴不上税款的老百姓，让衙役们抓人、拘禁、拷打，杀鸡给猴看，希望能顺利完成任务。然而，中国的老百姓是天下最聪明的老百姓，上有政策，下有对策，官府势力大，无法抗衡，就想出各种各样的办法，不再对着干。他们可以贿赂衙役，雇佣一批乞丐代他们挨打，变着法的不缴和少缴税款，官府一点办法也没有。
申时行生长于苏州吴县，对这些情况已司空见惯。张居正也深知此中积弊，称“其乡人最无赖”，但也拿不出一个好的解决办法。老百姓的心情也可以理解，他们缴税虽然是应尽的义务，但并没一定的福利保障，老百姓缴了只是在做贡献。他们的生老病死国家没有管过，住房、医疗、教育更无从说起。老百姓缴了税，城市建设应该跟上去吧，连修个桥都要有老百姓捐款来完成。老百姓得不到任何的好处，缴税的积极性自然不会高涨，这并不是他们“无赖”也不是民族的劣根性，国家不替他们打算，他们只好替自己打算，是环境逼迫造成的。
最关键的也是老百姓最深恶痛绝，最没办法的，就是老百姓缴纳税粮，并不是缴完规定的数字就行了，在正税之外常有所谓“常例”，即各地方官按照习惯收入私囊的附加，县官如此，以下村长里长甲长也无不如此。地方官向上缴纳税金税粮，先扣常例，至于税额是否如数，则是另一回事。这些苛捐杂税多如牛毛，有时甚至超过了正税。负担越来越重，苦不堪言。古代的时候，中央财政一般是不会给地方政府拨款的，地方政府只有自己创收，在征税之外加一些“常例”以此来养活地方官，由于没有标准，收多少就要看地方的富裕程度和官员的情形而定了。
但是，作为一个国家就必须用制度来规定这一切。一个国家如果没有铁的制度，会一事无成。各地都有这样或那样的情况，国家财政肯定无法保障。张居正担任首辅的时候，态度十分强硬，他用皇帝的名义责令各州府县必须把税收按照规定全部缴足，作为考成法的一项规定下来，作为地方官如果你完不成，就要考虑的前途，也许你就会落马。地方官员感到了空前的压力。张居正因此为国家财政积累的大量的钱财，财政也日渐富裕起来。但任何一件事情都是一分为二，有利必有弊，也带来一些负面的影响，有批评张居正的人说，他对京城和各地库房中积存的大批现银视而不见，还要逼地方官敲诈小民，手段毒辣，让一些小民因此走投无路，家破人亡。这些都与张居正的初衷相违背，他只不过是为国家考虑，地方官为了完成任务所做的事，张居正也不提倡。但张居正作为首辅，身上担当着国家安宁，人民的疾苦大任，也应该考虑到，遗憾的是天下的官员和张居正并不一心，并不为国家考虑。既然张居正的权势太大，地方又抵挡不住，那么，为了保住官位，我就只有横征暴敛了，小民的死活我管不了，但我一定要保住我的乌纱帽。
张居正求治心情太切，忽视了文官集团的双重性格，认为只要实行高压政策，不由你不服。固然有很多官僚凭借特权，引用私人，扶植地主和高利贷者的利益，明朝的吏治非常腐败、贪官不少。但是也不乏清官，直官，为了理想为了国家也有不少人用于直言，野火烧不尽，春风吹又生，压也压不住，杀也杀不尽，一些有责任感的年轻人如邹元标辈，又真能不顾一己安危荣辱，为仁民爱物的宗旨拼命。他们敢于向最高统治者开刀，炮轰统治者，其用心也未必真是“沽名卖直”，也是为了国家社稷考虑，使亿万百姓沾惠受益。他们之所以攻击张居正，也并不单纯是为了一己之私，小集团的利益。张居正的改革措施背弃了古圣先贤的宗旨，急功近利，企图以世俗的行政效率来代替这种伟大的精神，当然会受到这些深受先贤思想影响的文官集团的猛烈抨击。张居正的一切作为被认为有悖孔孟之道，有悖仁治思想，这是这些读书人所不能容的。十年“专政”之后，各地税额并没有调整，这是十分要命的。历经数十年各地的情况也发生了翻天覆地的变化，固定的税额可能有的县份粘点光，但有的县份可能就苦不堪言；仍然无法管理农村，官吏薪给之低，依然如故，朝廷多少年没给人家涨工资，官员也是人也要吃喝，况且他们苦读十年，家庭为此付出了很多，参加工作了还让人家过苦日子傻子才干呢。张居正本人认真办事，一丝不苟，亲自审核政府的账目，查究边防人马的数额，下令逮捕犯法的官吏，事无巨细都做了规定，不给下边留一点点的余地。
张居正身为首辅，实际执掌着朝廷的大权，但他毕竟不是皇帝，重大决策必须有皇帝下旨来颁布，皇帝对张居正言听计从，毕竟有些事情做起来不太方便。为了更好的贯彻执行他的一些改革方针政策，经常以私人函件的形式，授意于总督巡抚，让他们向呈奏皇帝，然后张居正再以内阁大学士的身份为皇帝拟好意见批准自己的意见，张居正有时还在函件上对他们的升迁作出暗示，做出承诺。慢慢地就形成了一个以他自己为中心特殊的行政机构，以补助正常行政机构作不能完成的事情，他的一切政令就会畅通无阻的贯彻执行。这个做法也没有错，作为首辅，一人之下，万人之上，实际执掌着朝廷的大权，手下一定要有人，作为首辅手下没有人，政令不通，必将一事无成，是一件很可怕的事情。但张居正再厉害，手段再多，也不可能收复天下所有的官员，一些正直的官员，一些与张居正不太默契的官员就不可避免地会产生一些想法，在底下提出某些批评。
张居正的改革虽是为了国家考虑，对国家有好处，但他经常受到别人的批评，议论很多。万历听说张先生要改建住宅，增修一座阁楼以便悬挂御笔，也就是把皇帝的题词悬挂起来，非常高兴，就下旨由内库拨发白银一千两帮助修建。张居正很会做人，在李太后和小皇帝的心目中是个廉洁的大臣，经常赏赐一些东西，张居正往往以各种理由婉言拒绝，造成一个印象，张居正的日子过得并不宽裕。张居正去世之后，实际情形让万历大吃一惊，才知道北京张宅的增修费用竟为白银一万两，湖广的江陵出现了一座规模相同的张宅。锦衣卫的一个庞姓军官做主建造了张家大院，建造的费用来路不言而喻。家乡的地方官不甘落后，也动用公款先后建造三座石坊以颂扬张居正的丰功伟绩。整顿驿递，使无数的官员饱受路途之苦，少了一块经济来源，很不习惯。张居正却没有以身作则，他的亲人甚至连一些轿夫之类的都可以使用驿递。只要求别人执行，马列主义口朝外，专门针对别人，并把它当作打倒敌人的一个有力武器。
张居正的用人标准只有一条就是是否拥护他的方针路线，听不得一点的反对意见。在他的父亲去世时，面临着回家守孝的危机，表面上也屡次向皇帝提出辞职申请，但从内心里不愿意放弃来之不易的权利。当他的转危为安后，立刻就开始了一次大规模的京察，京察的标准只有一条，就是在张居正去留的问题上的态度，凡是拥护皇帝夺情的就会不拘一格的提拔，守制者会被打入十八层地狱，足见张居正的气量狭窄。
张居正的这些做法，不可避免地会得罪文官集团，不断地使自己陷于孤立的境地。直到危机四伏之际，但他并没有在意，仍然坚持着自己的做法，并引用佛家经义，作为自己精神上的解脱，“如入火聚，得清凉门。”他虽尚在人间身居首辅，却已经把自己当作烈士看待了。
申时行没有张居正的权威，也没有张居正的雄心壮志，更没有做烈士的决心。他坐到张居正的办公室后，屁股决定思想，忍不住会研究张居正的功过得失，对张居正的教训更是十分注意，他绝不想在不张居正的后尘，落到被抄家，子女被流放的地步，为了国事得此下场实在不值。张居正如果当年能够三省吾身，谦虚谨慎，尽可能的避免不应该发生的各种错误，明智一些，少做不做那些鱼死网破的事情，不抱着自我牺牲的决心，也不会自我牺牲，更不会自我牺牲。张居正的做法有点类似现在的一些恐怖组织，不是以消灭敌人为目的，为了自己的理想和信仰，不惜做人体炸弹，不一定能消灭敌人，但销毁自己是确定无疑了。张居正就是这个人体炸弹，他不惜用做人体炸弹来实现自己的理想，完成自己的事业。申时行为官几十年，一直在皇帝和张居正的身边工作，清楚的记得：由于张居正高度的政治智慧，温文尔雅作风，让大家对张居正心存好感，心存钦慕。文官集团并没有责成张居正舍弃旧章，实行他的改革方案，要创造一个新的行政系统，大家都表示了理解。在文官们的心目中张居正是一个大政治家，天生就是要在承担天下大任的，并希望他能够也应当以个人的声望来调和各种冲突和各集团的利益-
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