柏杨初抵台湾不久，就在1950年因为收听匪区广播而被判刑六月。（）出狱后，历任教师等职。
1953年，与齐永培结婚，育有二子（郭本城、郭本垣）。1950年代成为中国文艺协会会员。
1954年在救国团任职；而柏杨於救国团任职后才开始写作小说，而且小说都有相当的现实性与批判性。1959年与齐永培仳离，与倪明华结婚，育有一女佳佳（郭本明）。
1960年5月起，以笔名柏杨在《自立晚报》担任《倚梦闲话》专栏作家，写作的杂文对於现况有很严厉的批判。
1961年开始，在《自立晚报》以邓克保为笔名所发表的《异域》，以报导文学手法，描述一支中华民国的忠贞军队，奉令撤退到滇缅泰边区，与命运搏斗、冀求反攻大陆的事迹。
尽管故事中以虚构人物为主体，但主人翁们悲壮沧桑的血泪史触动人心，且於泰国北境确实有中华民国军人和子弟们苦涩求活，因此读者们便以泰北孤军称此部队。
《异域》后来不但被拍成电影，还创下在台湾销售达百万册的惊人数字，是一部成功的战争小说。
1967年，柏杨代班主编《中华日报》家庭版时，该版以每周五天的篇幅刊载美国连环漫画《大力水手》。
1968年1月，柏杨因《大力水手》翻译文中提及大力水手卜派父子流落至一个丰饶的小岛而乐不思蜀，两人要各自竞选总统，撰写竞选文宣，柏杨将fellows（伙伴们）翻译为全国军民同胞们，遭国民政府情治单位理解为对蒋中正父子的暗讽。以共产党间谍及打击国家领导中心的罪名逮捕，判处十二年有期徒刑，1969年起囚於台北县景美镇军法监狱。
不过根据台湾作家、时事评论家李敖的说法，《大力水手》是由一位女性侨生翻译，柏杨只是照抄才出事情。
1969年倪明华提出离婚要求，结束十年的婚姻，柏杨在狱中绝食二十一天。
1972年跟台北其他政治犯一同解送到国防部绿岛感训监狱。1975年，因蒋中正逝世，而减刑三分之一为八年有期徒刑。
1976年刑满后仍被留置於绿岛。后来因为国际特赦组织等人权团体的要求才被释放，共被囚禁九年又二十六天。
柏杨在狱中完成了《中国人史纲》、《中国帝王皇后亲王公主世系录》、《中国历史年表》三部书稿。原本还有第四部《中国历代官制》，因为参考书於1975年被官员搜去保管，所以只写了一半。
1978年与后来任教於北一女的诗人张香华女士结婚。出狱后柏杨专事写作，其中1983年开始。他开始着手译写《柏杨版资治通监》，以整体规划，分期出版的方式发行，至1993年72册全部完成。
1985年《丑陋的中国人》出版，针对华人集体文化和性格上的缺点作出批判和探讨，引发全球华人社会热烈争论，1986年秋中国大陆掀起柏杨热潮。不久，中国学运爆发，中共迁怒，柏杨於1987年霎时成为罪犯。其所有着作在中国大陆遭到全面查禁，直到2004年方重新正式授权出版。
柏杨也积极推动有关人权事务，1994年担任国际特赦组织台湾分会创会会长。
自从1994年进行心脏手术，接着一连串大病之后。柏杨的健康每况愈下。2000年5月20日接受陈水扁聘任为国策顾问一职。
2006年9月，因为年龄和健康的理由。宣布封笔，不再在公众场合露面和接受访问。同月出版的《柏杨曰》大陆新版序成为其封笔之作。
2006年，柏杨同意将56箱、共计11745件文献、文物捐赠予中国现代，并於2007年2月6日举行柏杨捐赠文献文物入藏新闻发布会正式移交。
另外，柏杨亦为国立台南大学首位荣誉博士，南大柏杨文物馆亦於2007年6月27日开幕，系3月31日捐赠予校方。包括1949年抵台后的重要证、资治通监手稿、校对稿、杂文手稿等，与北京的藏量等量。
柏杨於2008年2月24日因肺炎并呼吸衰竭住进医院，2008年4月29日凌晨1点12分在台湾新店耕莘医院病逝，享寿88岁。
2008年5月17日，依其遗愿海葬，家属将柏杨骨灰撒入绿岛海域，另留部分骨灰择日带回中国大陆安葬，经过遗孀张香华的努力，柏杨部分骨灰於2010年9月12日被安葬在故乡河南新郑的福寿园陵园。
基督徒，1942年柏杨在偃师时进入一座防空洞躲避空袭，遇到一位拿着圣经的中年妇女，祈求主耶稣保护在防空洞里两个人的平安。在确认这个中年妇女是帮柏杨和自己祷告后，当时柏杨的反应是奚落她的信仰。
十几年后他已从大陆到台湾，某个星期天，他在新竹见到一群基督徒，每个拿着圣经的中年妇女，都好像当年在防空洞中的那位对柏杨传福音的妇女，他身不由己的随着她们走进教堂。从此开始聚会成为基督徒。
柏杨后来曾参加安息日会，甚至在国际青年归主协会函授学校担任过函授教师，与台北仁爱路浸信会的齐永培女士有过一段婚姻。
基督教给我的裨益太多，柏杨如此说。2008年5月14日15时，柏杨的安息追思会在台北市台湾基督长老教会济南教会举行。
柏杨妻子张香华说丈夫的小说很糟糕，并认为其杂文比小说好，但《中国人史纲》和《柏杨版通鉴记事》则写得很好，因为很有开创性，用的文体和杂文完全不同。
柏杨好友，物理学家孙观汉说：每个人差不多都知道自己可自豪的一面，但是柏杨使我了解我丑陋的一面，而最使我惊奇而伤心的是这种可怕的丑陋，竟不是我一人所独占，而是十亿同胞所共有的。
中国现代馆长陈建功评价柏杨是当代文学史上的奇迹。
台湾远流出版公司董事长王荣文说：我们常常抱怨社会混乱，柏老却能永葆信心。因为他从历史角度看待问题，有时候比我们年轻人还乐观。
作家聂华苓曾评价柏杨小说和杂文有一个共同点，在冷嘲热讽之中，蕴藏着深厚的爱和情。
学者陈晓明回忆指出，想要走向现代化之路，就要批判传统，柏杨对传统思想文化的批判精神和态度，很大程度上影响了我们，成为一种很经典的认知，在青年知识分子中影响很大。
同时评价柏杨是一个中国历史文化的批判者，他对中国历史文化爱之弥深，恨之愈切，只有对传统文化非常关切、对中国人怀有非常高的期望，他才会批判、揭示它的问题所在。
柏杨一生着作不辍，平生有十年小说、十年杂文、十年牢狱、五年专栏、十年通监等历程，此外还有古典诗、报导文学及其他散文，共完成《柏杨全集》等文学、历史、思想着作100余册。