大约1600年到1608年期间是莎士比亚的悲剧时期，儘管这段时期他还创作了一些问题剧如《一报还一报》、《特洛伊罗斯与克瑞西达》和《终成眷属》。 />
很多评论家认為莎士比亚伟大的悲剧作品代表了他的艺术高峰。第一位英雄当属哈姆雷特王子，可能是莎士比亚创作的角色中被谈论最多的一个，尤其是那段著名的独白——生存还是毁灭，这是一个值得考虑的问题。
和内向的哈姆雷特不同（其致命的错误是犹豫不决），接下来的悲剧英雄们奥赛罗和李尔王，失败的原因是做决定时犯下轻率的错误。
莎士比亚悲剧的情节通常结合了这类致命的错误和缺点，破坏了原有的计划并毁灭了英雄和英雄的爱人们。
在《奥赛罗》中，坏蛋埃古挑起了奥赛罗的性妒忌，导致他杀死了深爱他的无辜的妻子。
在《李尔王》中，老国王放弃了他的权利，从而犯下了悲剧性的错误，导致他女儿的被害以及格洛思特公爵遭受酷刑并失明。剧评家弗兰克克莫德认為，剧本既没有表现良好的人物，也没有使观眾从酷刑中解脱出来。
《马克白》是莎士比亚最短最紧凑的悲剧，无法控制的野心刺激著马克白和他的太太马克白夫人，谋杀了正直的国王，并篡夺了王位，直到他们的罪行反过来毁灭了他们自己。在这个剧本中，莎士比亚在悲剧的架构中加入了超自然的元素。
他最后的主要悲剧《安东尼与克丽奥佩托拉》和《科利奥兰纳斯》，包括了部分莎士比亚最好的诗作，被诗人和评论家托马斯斯特恩斯艾略特认為是莎士比亚最成功的悲剧。
在他最后的创作时期，莎士比亚转向传奇剧，又称為悲喜剧。这期间主要有三部戏剧作品：《辛白林》、《冬天的故事》和《暴风雨》。还有与别人合作的《泰尔亲王佩力克尔斯》。
这四部作品与悲剧相比没有那麼阴鬱，和1590年代的喜剧相比更严肃一些，最后以对潜在的悲剧错误的和解与宽恕结束。
一些评论家注意到了语气的变化，将它作為莎士比亚更祥和的人生观的证据，但是这可能仅仅反映了当时戏剧流行风格而已。
莎士比亚还与他人合作了另外两部作品《亨利八世》和《两个贵族亲戚》，极有可能是与约翰弗莱彻共同完成。
目前尚未确定莎士比亚早期的剧作是為哪家剧团创作的。1594年出版的《泰特斯安特洛尼克斯》的扉页上显示这部作品曾被3个不同的剧团演出过。
在1592年到1593年黑死病肆虐后，莎士比亚的剧作由他自己所在的剧团公司在剧场（thetheatre）和泰晤士河北岸的幕帷剧院（curtaintheatre）表演。
伦敦人蜂拥到那裡观看《亨利四世》的第一部分。当剧团和剧院的地主发生争议后，他们拆除了原来的剧院，用木料建造环球剧场。这是第一个由演员為演员建造的剧场，位於泰晤士河南岸。
环球剧场於1599年秋天开放，《朱利叶斯凯撒》是第一部上演的剧作。大部分莎士比亚1599年之后的成功作品是為环球剧场创作的，包括《哈姆雷特》、《马克白》、《奥赛罗》和《李尔王》。
1603年，当宫内大臣剧团改名為国王剧团后。剧团和新国王詹姆士一世建立了特殊的关係。儘管表演记录并不完整，从1604年11月1日到1605年10月31日之间国王剧团在宫廷中共表演了莎士比亚的7部戏剧，其中《威尼斯商人》表演了两次。
1608年之后，他们冬天在室内的黑衣修士剧院演出，夏天在环球剧场演出。室内剧场充满詹姆士一世时代的风格，装饰得非常华丽，使莎士比亚可以引入更精美的舞台设备。例如。在《辛白林》中，朱庇特在雷电中骑鹰下降，掷出霹靂一响；眾鬼魂跪伏。
莎士比亚所在剧团的演员包括著名的理察伯比奇、威廉肯普、亨利康德尔和约翰赫明斯。伯比奇出演了很多部莎士比亚剧本首演时的主角，包括《理查三世》、《哈姆雷特》、《奥赛罗》和《李尔王》。
受观眾欢迎的喜剧演员威廉肯普在《罗密欧和朱丽叶》中扮演僕人彼得。在《无事生非》中扮演多贝里，他还扮演了其他角色。
16世纪末期，他被罗伯特阿明取代，后者饰演了《皆大欢喜》和《李尔王》里的弄臣角色。
1613年。作家亨利沃顿认為《亨利八世》描述了很多非常壮观的仪式场景。然而6月29日，该剧在环球剧场上演的时候。大炮点燃了屋顶，剧场被焚毁，这是莎士比亚戏剧时代罕见的被準确记录的事件。
1623年，莎士比亚在国王剧团的两个好朋友约翰赫明斯和亨利康德尔，出版了莎士比亚剧作合集《第一对开本》。该书一共包含36部莎士比亚作品，其中18部為首次出版。其中很多作品之前已经以四开本的形式出版。
没有证据表明莎士比亚认可这些版本，正如《第一对开本》中描述的那样為剽窃和鬼祟的复製品。英国传记作家艾尔弗雷德波拉德称其中的一部分為糟糕的四开本，因為它们是被改编、改写或篡改的文字，很多地方根据记忆重新写成。
因此同一个剧本有多个版本，并且互不相同。这些差异可能来源於复製或印刷错误、演员或观眾的笔记、以及莎士比亚自己的草稿。
另外有些情形，如《哈姆雷特》、《特洛伊罗斯与克瑞西达》和《奥赛罗》，莎士比亚在四开本和对开本中间修订了文字。《李尔王》的对开本和1608年出版的四开本差别很大，以至於牛津莎士比亚出版社将两个版本都出版，因為它们不能没有歧义地合併成一个版本。
1593年到1594年，由於剧院因為瘟疫而关闭，莎士比亚出版了两首性爱主题的叙事诗：《维纳斯和阿多尼斯》和《鲁克丽丝失贞记》，他将它们献给南安普敦伯爵，亨利赖奥思利。
在《维纳斯和阿多尼斯》中，无辜的阿多尼斯拒绝了维纳斯的性要求，而《鲁克丽丝失贞记》中，贞洁的妻子鲁克丽丝被好色的塔昆强暴。
受奥维德的《变形记》影响，诗表现了起源於慾望的罪行和道德的困惑。这两首诗都很受欢迎，在莎士比亚在世时重印多次。
第三首叙事诗為《爱人的怨诉》，讲述了一个年轻女子悔恨被一个求婚者诱姦，收录在1609年出版的《十四行诗》第一版中。
大部分学者现在接受《爱人的怨诉》為莎士比亚创作的观点。评论家认為这首诗优秀的品质被沉重的结果所损伤。《凤凰和斑鳩》哀悼传说的不死鸟和爱人忠诚的斑鳩之死。
1599年，两首早期的14行诗作品第138和作品第144收录在《热情的朝圣者》中，此书印有莎士比亚的名字，但是没有得到他的许可。