当天，奉天殿内举行大朝会，当庭正式宣布旨意，改组内阁与军机。
旨意中明确表示，皇帝之下分为内阁和军机。
内阁办公地点在紫禁城奉天殿东边的文华殿，军机办公地点在奉天殿西边的武英殿。
住在文华殿的永王和定王二人，搬出紫禁城，朱慈烺将抄家所得的魏国公府和保国公府，分别赐给定王和永王，作为王府。
内阁大臣管理全国政务，治理国家促进发展，掌管除军队和宗室外的一切国政事物。
内阁下属吏部、户部、礼部、工部、刑部、教化部、财政部（税务部）、海事部、鸿胪寺（外交部）、翰林院。
军机大臣管理军事，负责军事作战，开疆拓土。
军机控制全国的军队，掌军令，可以对军队发号施令，对武官选拔、考核、升降、赏罚。
军机下属兵部、情报部、后勤部、军器部、赞画部、军工研究院、皇明军校。
其中兵部是军屯部和五军都督府的集合体，新的五军都督府包括了军屯职责，总部以前叫大都督府，朱慈烺将其直接改为兵部。
军机与内阁的职权平等，凡军机要务，内阁无权过问。
二者一文一武，互不通气，分别向皇帝奏事，皇帝利用两者之间的异同，直接控制军权和政权。
遇到战事，皇帝召开御前会议，商量要不要打，打的话将要达到什么战略目的，然后军机去执行，下达作战命令。
内阁只负责调动各省的后勤支援，当然了，各地都督府也会在当地设立后勤战备仓储，随时应对战争，避免文官们后勤不继拖后腿，影响战况。
内阁大臣和军机大臣，皆由皇帝亲自任免，主要以政绩与军功为依据。
除了皇帝可以制约内阁与军机，朱慈烺又将都察院和军法部独立于内阁与军机外。
都察院监察文官，军法部监察武将，按章程办事，形成制衡，听命于皇帝。
朱慈烺本想将财政权也单独拿出来的，后来想想还是放弃了，财权要是拿出来，就是北宋的二府三司制了，容易造成冗官的现象，行政效率差。
为了保持行政效率，朱慈烺采用问责制，明确官员岗位职责，任务不重合，是谁的责任由谁来承担。
追究具体问题的具体过错，不问功劳苦劳，不搞将功抵过，形成真正的赏罚分明。
最后，在殿上，朱慈烺宣布了内阁大臣和军机大臣的名单。
吏部尚书，杨廷麟，内阁首辅，太师，侯爵，文华殿大学士。
户部尚书：张国维，内阁次辅，伯爵，文华殿大学士。
礼部尚书：朱继柞，内阁大臣，文华殿大学士。
工部尚书：方孔照，内阁大臣，伯爵，文华殿大学士。
方孔照本是内阁次辅，因儿子方以智担任浙江巡抚，他避免方家权势过重，树大招风，因此甘愿让出位置，掌管个没什么影响力的工部
刑部尚书：冯英，内阁大臣，文华殿大学士，兼任应天府府尹，掌天下刑狱。
教化部尚书：李岩，内阁大臣，文华殿大学士，年轻遭人妒忌，未封爵，留用教化部。
财政部尚书：程国祥，内阁大臣，伯爵，文华殿大学士。
海事部尚书：沈廷扬，内阁大臣，文华殿大学士。
鸿胪寺卿：（外交部）冒襄，内阁大臣，这是唯一一个不是文华殿大学士的内阁大臣。
若不是外交工作日益重要，以这位学渣的资历，再努力十年都入不了内阁！
翰林院大学士：杨士聪，内阁大臣，伯爵，文华殿大学士。
翰林院集中了知识分子中的精英，负责修书撰史，起草诏书，为皇室成员侍读，担任科举考官等。
原本翰林院的老大只是五品学士，其他官职都是些六七**品的小官，每天只负责抄抄写写的工作，致力于文化学术事业的传承。
朱慈烺有意将翰林院搞成智囊团，特地在原有的学士上面再设大学士一人，正二品衔，杨士聪为首任大学士，掌翰林院。
都察院院长：李邦华，负责监察以上所有部门官员，不入阁，授正一品特进光禄大夫。
朱慈烺觉得左都御史这个官职没逼格，不配当都察院的老大，于是在左都御史上面又加了个院长
军机大臣及下设部门。
兵部尚书：孙应元，首席军机大臣，秦国公。
情报部尚书：李廷表，军机大臣，太保，侯爵。
此时的大明情报网主要分成三部分：锦衣卫主要侧重于军事情报，往别国派出细作；
龙骧夜不收相当于特种侦查大队，隶属于军机；
东厂接管全国官员和民事情报网，直接对皇帝负责。
后勤部尚书：太监卢九德，军机大臣，祖坟冒青烟，成为历史上唯一一位太监当官的家伙。
军器部尚书：赵景麟，军机大臣，侯爵，掌管各地军器局、武器制造。
赞画部尚书：赵士骧，军机大臣，伯爵。
赞画相当于参谋，主要职责是整理战斗信息，为军事长官提供资料并提出一定的战略战术，为行军部队指路、以及为将帅们起草报告和文书。
经军事长官授意，赞画可以向下面单位布置具体的战斗任务。
最重要的是，赞画部要对士兵们进行思想教育，精忠报国，守护百姓，让士兵们在任何艰苦的条件下都能够积极的战斗，充满了必胜的信念
朱慈烺很明白，这样的文武分治制度，不一定很完美，而且面对时代的发展，以后也需要再作出调整，比如拓展海外时，随着地盘的变大，很多问题又会出现。
最后，朱慈烺确定了巡抚制度，命吴忠宣布各省巡抚的名单。
巡抚一词，最早出现在南北朝时，基本上是皇帝派遣官员出巡边镇和赈灾抚民。
大明开国之初，在各省设立都司（都指挥司）、布政司（承宣布政使司）、按察司（提刑按察使司），分别主管军事、民政、司法，合称三司。
按道理说这三权分立的制度挺好的，然而不到百年的时候，随着土木堡之变后，文官集团势力做大，武将集团地位下降，三司的平衡被打破。
加上社会矛盾激化，三司条条分割，都在推卸责任，运转不灵。
这个时候，大明朝廷才另置巡抚，地位在三司之上，使三权归一，掌管地方军政大权，行政效率蹭蹭往上提，朝廷对地方的统辖权也重新得到加强。
即便如此，大明的巡抚依旧是非地方正式军政长官，哪里不稳定就往哪里派出巡抚，基本都是都察院的御史兼职。
巡抚开始是主管民政方面的，随着天启、崇祯朝地方战事变多，巡抚侧重于主管军事，走了文官指挥军队的下坡路。
鉴于此状况，朱慈烺正式确立巡抚制度，在各省设一名巡抚，从二品，掌管一省民政、司法、监察大权，不掌军事。