按照陈越和余枫林设计的幕府模式，以后平南军直辖的军队，各营将领只是负责领兵作战，而其他各种权力都收归幕府各司负责，军队士兵将不再是将领的私军，而是只能由平南侯陈越一人控制。
余枫林刚设计幕府时，不过是想借鉴朝廷机制管理军队，经过陈越的参与修改，幕府的规模更为庞大，各项功能更为完善。若按这种机制补充好各司主事以及下辖人员，使之能够正常运转，可以预想的不久，这架精密的机器将会飞速转动，为陈越提供源源不断的精锐而且忠心的士兵。
可是，这也等于把原本属于朝廷兵部的权力改为幕府所有，而不管军队发展到多大规模，都是平南侯陈越的私军，朝廷根本没法调动，若是有朝一日平南军发展到一个庞然大物，会不会对朝廷对大明产生威胁？余枫林自己想想都觉得恐惧，恐惧之后也有丝丝的期待
幕府设置了六个司陈越还不罢休，仔细思考之后又增加了主管职方司，管理军队各级军官将领的人事升职一应工作。各营官兵的员额、士兵军官的名录都在职方司存档，而军官的升职降职均要职方司批准才能生效。
这样算下来，幕府就有七个司，每个司设立一正二副两个主事，下面再分设各堂，需要的官员就达数十人近百人，还不算吏员仆役，幕府众人都不再朝廷编制，都需要陈越自己找人，可一时间又哪里有这么多的人才？想要完善幕府非一日之功。
余枫林已经被陈越委任为参谋司主事，暂时负责幕府工作，在淮安练兵的杨正平被任命为战训司主事，很快会带领军队回扬州上任。杨正平粗通文字、熟悉平南军军制，任战训司主事很是适合。
原来高杰和刘良佐两部的降军万余人已经被杨正平训练月余，陈越再计划招募两万新兵，统统由战训司负责新兵训练工作，三个月后，会把这批新兵编制成伍，计划编为十个营的新军，沿着淮河一线布防。
敌情司的主事暂时由卫阳担任，他原先是夜不收的首领，任这个职位还算对口，不过卫阳人比较老实，权变不足，陈越打算过段时间再找到合适的人选代替他。
镇抚司主事由单明磊担任，单明磊一直负责平南军的军纪，又有着秀才的功名，足以升任这个职位。
至于军械司，主事则由原来的将作营主事李雄担任，考虑到李雄只是个军匠出身识字不多，陈越任命了潘学忠副之。潘学忠是洋人汤若望的干儿子，学贯中西，原本担任主事也足以升任，不过资历相差李雄甚远。
后勤司主事由张程凯担任，张程凯一直管着平南军的粮草，平日里把平南军后勤事宜打理的井井有条，出身浙江商人之家的他，胜任这个职位绰绰有余。
至于职方司主事，暂时由何禄担任，何禄也算是平南军的老人，平日里帮着陈越整理文书处理军中杂物很是辛苦，本身又有着秀才的功名，给他个主事理所应当。
各司主事的人选算是定了下来，但每司还需要大量的从吏，这就需要各个主事自己去找。陈越制定的规则是优先选用平南军军中之人，外部进人必须经过考核经由陈越亲自批准。
平南军中自然也是有人才的，自从刚成军只有五十余个家丁时，就注重军中的文化教育，开有识字班。一开始是由陈越自己教家丁们识字，后来军中陆续有文人加入，单明磊，袁可望、王寅等，这些人应陈越的要求，也会不时的教授士兵军官们文化。
当初刚成军时，陈越就有过规定，升职优先考虑识字多的人，所以在军中学习认字的氛围还挺浓，一年多以来，很多士兵都能认识百十个乃至数百个汉字，而小旗总旗这样的基层军官，大多数都粗通文字，能够看懂白话写就的军令。
所以单从识字率这一点来看，平南军可以说是大明识字率最高的军队，当然这一切都是因为陈越这个穿越者超前的认识。
而现在，这些粗通文字的士兵和军官顿时成了香饽饽，幕府各司开始从军中疯狂的挖人，而只要双方都同意，陈越会一律开绿灯放行。至于会不会影响平南军的建制？不久的以后，平南军也会重新编组。
各个主事，各司的低级官员从吏，在朝廷是没有编制的，可有必须给予其一定的待遇地位。陈越是江北总督，却是有任命武官的职权，于是决定，一律授予幕府众人以武职。
各司主事一律给予四品武职，这是陈越这个江北总督所能授予的武将最高职衔，再高就得经有朝廷审议兵部批准。而现在，只需要陈越加盖平南侯大印的一张告身即可。当然，他们的身份只能在平南军内部得到承认，因为兵部并未存档。
各司副主事则给予从四品的武职，至于各堂各科，吏目从员，则授予五品到八品的武职。
品级不同则待遇不同，任免升迁自有制度。
杨正平带着万余降军已经从淮安府赶到了扬州，这批降军将会和部分淮安团练兵，以及即将招募的新兵编组为新军，计划共招募三万新兵，组成十个营。
杨正平已经任职战训司主事，在淮安扬州地方官府的协助下，招募士兵工作也在进行中，江淮虽然比北方富裕一些，可也有太多太多的贫民，在吃不饱肚子的情况下，当兵吃饷也不失为一条出路，募兵不会太难。
当然，平南军募兵是有一定要求的，只肯招募农村的农民，城市兵则一概不收，有战训司往各地派出人员专门负责，招募好的士兵一律送到扬州集训。
平南军中大量的老兵和基层军官被抽调出来，补充到战训司，协助进行新兵训练工作。这些新被招募的农民，将会在扬州城外的军营里经历三个月繁重而残酷的训练，能撑到最后的才会被留下来，成为平南军的一员。
这个夏天，江北都督府的一切都将步入正规。